影片讲述了新生代蜘蛛侠迈尔斯（沙梅克·摩尔 Shameik Moore 配音）携手蜘蛛格温（海莉·斯坦菲尔德 Hailee Steinfeld 配音），穿越多元宇宙踏上更宏大的冒险征程的故事。面临每个蜘蛛侠都会失去至亲的宿命，迈尔斯誓言打破命运魔咒，找到属于自己的英雄之路。而这个决定和蜘蛛侠2099

电影聚焦于导致清除计划发生的原因，讲述了由于人口膨胀，社会问题加剧，一个名为New Founding Fathers of America的组织进行了一种社会学理论测试，即在某一孤立的社区进行为时一晚的发泄、攻击、侵略，促成社区人们之间的相互残杀。这一制度在全美推广，一时间马路街道都成为了杀戮的战场

故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。